La microscopia especular o recuento de células endoteliales, realiza una evaluación de la cantidad y calidad de las células endoteliales.  Es necesaria cuando se requiere evaluar el estado de salud de la cornea, la presencia de distrofias a nivel corneal, la posibilidad de rechazo en un trasplante de cornea y si la cornea es o no es resistente para algunos procedimientos.

El recuento de células endoteliales, es indispensable en los siguientes casos: